Table 5 Details of binding affinities and interaction of some selected compounds against α-amylase
Sr. No | Compound | Binding affinity (kcal/mol) | No. of H. Bonds | Interacting residues |
|---|---|---|---|---|
1 | Acarbose (standard) | −7.8 | 6 | ASP A:402, THR A:11, ARG A:398, PRO A:332, GLY A:403, ARG A:421, THR A:6, ASN A:5, SER A:3, ARG A:10, THR A:336, GLN A:404, PRO A:405, GLN A:8, PRO A:4, ASP A:290, SER A:289 |
2 | (3S,7E,9S)-9-Hydroxy-4,7-megastigmadien-3-one 9-glucoside | −8.8 | 6 | GLN A:63, ASP A:197, GLU A:233, ASP A:300, HIS A:305, THR A:163, LEU A:165, ILE A:235, ASN A:298, TRP A:58, ASP A:356, TRP A:357, THR A:163, TYR A:62, ARG A:195, LEU A:162, ALA A:198 |
3 | (5a,8b,9b)-5,9-Epoxy-3,6-megastigma | −6.6 | 2 | GLN A:63, TRP A:59, LEU A:165, TYR A:62, HIS A:101, ASP A:197, LEU A:162, TRP A:58, THR A:163 |
4 | Ixocarpalactone A | −9.5 | 1 | GLN A:63, THR A:163, HIS A:101, LEU A:162, HIS A:201, ILE A:235, TRP A:59, LEU A:165, TYR A:62, TRP A:58, ARG A:195, ASP A:300, GLY A:233, ALA A:198, ASP A:197, HIS A:305 |
5 | Plumerubroside | −8.1 | 2 | ASP A:197, TRP A:59, ALA A:198, HIS A:101, ARG A:195, HIS A:299, TRP A:58, ASP A:300, TYR A:62, LEU A:165, GLN A:63, THR A:163, LEU A:162 |
6 | Isoferulic acid | −6.1 | 6 | ARG A:252, ARG A:398, GLY A:334, THR A:6, ARG A:10, GLY A:9, PRO A:4, PHE A:335, PRO A:332, GLN A:8, THR A:11, ASP A:402, SER A:289, ASP A:290, SER A:289 |